1988年10月1日，“爱沙尼亚人民阵线”举行成立大会，该阵线的目的是争取爱沙尼亚的主权和独立。大会一致通过了一项旨在争取经济自主权的纲领。11月26日，在苏联最高苏维埃主席团会议上，戈尔巴乔夫批评波罗的海沿岸三国的“离心”倾向是错误的。1989年8月23日，波罗的海三国的独立派组织利用苏德条约签订50周年纪念日之际，组织了声势浩大的群众示威游行活动。约200万人手拉手组成了一条从塔林、里加到维尔纽斯相连接的长达600多公里的“人链”。示威者谴责苏德条约及其附加议定书，要求脱离苏联。11月12日，爱沙尼亚最高苏维埃通过决议，宣布爱1940年加入苏联的宜言无法律效力。

在1994年3月18日举行的爱沙尼亚最高苏维埃(议会)选举中，主张脱离苏联的“人民阵线”及其支持者获胜执政。3月30日，爱沙尼亚议会通过了该共和国向独立过渡的文件—《关于爱沙尼亚国家地位的决定》，4月4日，戈尔巴乔夫要求爱沙尼亚领导人撤回独立宣言，否则将不得不采取在立内宛采取的同样措施。5月8日，爱沙尼亚共和国议会表决通过更改国名和国旗的法律。正式定国名为“爱沙尼亚共和国”:恢复1940年以前自上而下由蓝、黑、白三个相等的长方形组成的国旗。

在争取独立过程中，爱沙尼亚和立陶宛、拉脱维亚的，独立派领导人采取联合行动，并积极寻求外部支持和援助。4-5月，三国签署了经济合作协议、关于三国一致与合作 宣言、关于参加欧安会的联合声明。爱沙尼亚举行了全民投票，结果大多数人希望恢复爱沙尼亚共和国的国家自主和独立。

1991年苏联“8.19”事件加速了波罗的海兰国的独立进程。8月22日，爱沙尼亚宣布彻底脱离苏联而独立。9月6日，前苏联国务委员会正式承认爱沙尼亚的独立地位。9月17日加入联合国。