爱沙尼亚人的祖先是5000年前从芬兰到达这个地区的。在以后的数千年里，波罗的海沿岸的其他部落和欧洲北部(斯堪的纳维亚)的部落同他们结合在一起。12至13世纪，在反对日耳曼和丹麦侵略者的斗争过程中，逐步形成爱沙尼亚民族。大约在公元1220年，爱沙尼亚被日耳曼圣骑士团所征服，成为立窝尼亚的一部分。16世纪末爱沙尼亚被瑞典(占领北爱沙尼亚)、波兰立陶宛王国几(占领南爱沙尼亚)和丹麦(占领萨列马岛)瓜分。

从17世纪中叶起，整个爱沙尼亚处于瑞典人的统治之下。1721年爱沙尼亚并入俄罗斯。十月革命后，爱沙尼亚于1917年11月8日建立苏维埃政权。1918年2月24日脱离苏俄宣布独立，成立了爱沙尼亚共和国(现把2月24日定为独立日，即国庆节)。3月被德军占领。德国战败后，苏联红军进入爱沙尼亚。1918年11月29日宣告成立爱沙尼亚苏维埃共和国。1919年资产阶级夺取了政权，重新改称爱沙尼亚共和国。1920年2月，苏俄承认爱沙尼亚资产阶级共和国独立，并且建立了贸易关系。1939年8月23日，苏德签订有关双方划分在东欧利益范围的秘密议定书，根据这一议定书，爱沙尼亚被划入苏联的势力范围。1940年B月，苏军进人爱沙尼亚，恢复了苏维埃政权。同年7月21日成立爱沙尼亚苏维埃社会主义共和国，8月6日加盟苏联。二次大战中被称国法西斯占领，1944年获解放后仍留在苏联内。战后，爱沙尼亚经济得到迅速恢复，工业飞速发展，集体农庄的生活水平有显著提高，消费品的供应逐渐改善。但由于生在俄罗斯的爱沙尼亚人在党和政府里占据重要地位，而本地出生的领导人则受到压制，民族主义表现得非常强烈。此外，在爱沙尼亚成为苏联的加盟共和国以后，苏联向该地区进行了大规模的移民，平均每年移民7000-8000人，加深了民族矛盾。爱沙尼亚未加入苏联以前，居民中88%是爱沙尼亚族。到1976年，爱沙尼亚族在总人口中所占百分比下降到65%，并在此后几年中继续下降。80年代，随着东欧形势的剧变和前苏联国内形势的演变，爱沙尼亚国内要求脱离苏联的呼声日益高涨。爱沙尼亚等波罗的海三国要求独立，提出了两个依据。其一，苏联宪法规定，每个加盟共和国都“有权自由脱离(退出)苏维埃社会主义共和国联盟”，其二，前苏联领导人戈尔巴乔夫执政后，波罗的海三国和苏联最高当局均认为1939年苏德条约的议定书是“非法的”。自1987年以来，包括爱沙尼亚在内的波罗的海三国频频爆发大规模群众集会和示威游行，民族矛盾更加表面化。1987年8月23日，首都塔旅举行了集会和示威游行，要求“独立”和“自由”。